Theo Thông tư 279/2016/TT-BTC ngày 14/11/2016 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí trong công tác an toàn vệ sinh thực phẩm và Thông tư 117/2018/TT – BTC ngày 28/11/2018 của Bộ trưởng Bộ tài chính sửa đổi một số điều của Thông tư số 279/2016/TT- BTC gồm các nội dung thu phí như sau: 1. Phí thẩm định cấp phép lưu hành, nhập khẩu, xác nhận, công bố trong lĩnh vực an toàn thực phẩm 2. Phí thẩm định cấp giấy chứng nhận đối với thực phẩm xuất khẩu 3. Phí thẩm định điều kiện hành nghề, kinh doanh thuộc lĩnh vực an toàn thực phẩm 4. Phí thẩm định nội dung kịch bản phim, chương trình trên băng, đĩa, phần mềm, trên các vật liệu khác và tài liệu trong quảng cáo thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thuộc lĩnh vực y tế 5. Phí thẩm định xác nhận kiến thức an toàn thực phẩm
Hiện nay Cục An toàn thực phẩm duy trì 3 website cung cấp Hệ thống dịch vụ công ATTP quốc gia gồm: 1. Trang web: nghidinh15.vfa.gov.vn đối với hồ sơ xin thẩm định cấp phép lưu hành, nhập khẩu, xác nhận công bố trong lĩnh vực an toàn thực phẩm; thẩm định điều kiện hành nghề, kinh doanh thuộc lĩnh vực an toàn thực phẩm 2. Trang web: xacnhanquangcao.vfa.gov.vn đối với hồ sơ xin thẩm định nội dung kịch bản phim, chương trình trên băng, đĩa, phần mềm, trên các vật liệu khác và tài liệu trong quảng cáo thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thuộc lĩnh vực y tế 3. Trang web: congbosanpham.vfa.gov.vn đối với hồ sơ xin thẩm định cấp phép lưu hành, nhập khẩu, xác nhận công bố đối với thuốc lá 4. Các hồ sơ khác không nằm trong danh mục thuộc Hệ thống dịch vụ công ATTP quốc gia của Cục An toàn thực phẩm phải nộp hồ sơ giấy tại Cục.
Khi Doanh nghiệp nộp phí bằng hình thức chuyển khoản ngân hàng phải scan lại giấy nộp tiền và đăng lên phần xác nhận nộp phí của Hệ thống dịch vụ công ATTP quốc gia của Cục An toàn thực phẩm. Sau 3 ngày làm việc kế toán sẽ kiểm tra sổ phụ và các thông tin của Doanh nghiệp nộp phí và sẽ xác nhận phí.
Khi doanh nghiệp nộp phí bằng hình thức Keypay phải thực hiện các thao tác thanh toán qua Thẻ ngân hàng theo quy định của Trung tâm phát triển thương mại điện tử - Bộ Công Thương trên Hệ thống dịch vụ công ATTP quốc gia của Cục An toàn thực phẩm. Hệ thống thanh toán thương mại điện tử quốc gia KeyPay sẽ thu phí và chuyển kết quả giao dịch tự động sang Hệ thống dịch vụ công ATTP quốc gia của Cục An toàn thực phẩm.
